以前のLive Syncではフォルダ数は20で同期ファイルは20,000までということでしたが、Windows Live Mesh 2011では200個のフォルダと100,000ファイル、40GBまでのファイル同期に対応しているようです。
WinMergeで同期フォルダを比較した所、25,000ファイルほどあるフォルダも正常に同期されていました。また、*.dbや*.lnkといったファイルは同期対象外となるようです。
そのため、ファイル数は同期フォルダ同士で異なる場合が出ますが必要なファイルは全て同期されているようで全く問題はありませんでした。
最近はDropBoxやSugarSyncを利用していましたが、PC間のファイル同期はWindows Live Meshもかなり使い勝手が良いです。（※P2Pなのでクライアント同士のストレージ容量による）
・Windows Live Mesh 2011 ダウンロード ( Win , Mac 対応 )
http://windowslive.jp.msn.com/special/new/essentials/mesh.htm